साँखु जात्रा काठमाडौँ उपत्यकाको अर्को प्रमुख सांस्कृतिक पर्व हो। यो जात्रा विशेषगरी साँखुस्थित बज्रयोगिनी मन्दिरसँग सम्बन्धित छ। वैशाख पूर्णिमाका दिन बज्रयोगिनी देवीको मूर्ति रथमा राखी नगर परिक्रमा गरिन्छ।
साँखुमा बज्रयोगिनी जात्रा मूलत चैतेदसैंको दिनदेखि जात्रा सुरु भएको संकेतस्वरूप नाय्खीं बाजा बजाएर नगर परिक्रममा गरेर खबर गर्ने गरिन्छ । हरेक बर्ष जात्रा चैत्र शुल्क पूर्णिमादेखि वैशाख कृष्ण अष्टमीसम्म चल्छ।
जात्राका लागिका बज्रयोगिनी मन्दिरबाट बज्रयोगिनीेसँगै चिभाः द्यः, सिंहमुखी र बाघमुखी मूर्तिलाई खटमा बोकेर बाजागाजासहित साँखुमा नगर प्रवेश गराइएको छ । गला र दुवै हातमा नागमाला, शरीरमा भोटो, दायाँ हातमा खड्ग, बायाँमा कमलको फूल, हिरामोती जडित मुकुटले सजिएकी तीन नेत्र भएकी बज्रयोगिनीलाई जात्रा गर्ने परम्परा छ ।
चार दिनपछि मुँ जात्राका रुपमा साँखुबासीहरुले मनाउने गर्छन्, जुनदिन साँखुबासीहरुले आफ्ना आफन्तहरुलाई नखत्या बोलाउने चलन रहेको छ । जात्रामा बज्रयोगिनीको मुर्तिसँगै चिभाःद्यः, सिंहमुखी, बाघमुखी मूर्तिलाई खटमा बोकेर बाजागाजासहित साँखु बस्ती घुमाउने चलन छ ।